La Biblioteca del Monasterio de San Lorenzo de El Escorial se ubicó en el zaguán del pórtico principal y su entrada era por el ángulo noroeste de los claustros menores del tercer piso. Puestas de madera fina dan entrada a un salón de 194 pies de largo por 30 de ancho y 36 hasta lo alto de la bóveda. Pavimento de mármol. Las estanterías las diseñó Juan de Herrera y ejecutó Jusepe Flecha, en caoba, ébano, cedro, naranjo, terebinto y nogal. A mitad de la Sala hay cinco mesas de mármol y jaspe con cercas de bronce y entre ellas veladores de pórfido, regalo de Felipe IV. Sus cinco balcones y siete ventanas permiten la entrada de muy buena luz. Esta obra costó 13.000 ducados.
En la mencionada Sala, dividida en tres porciones por dos arcos sobre pilastras, existían los cuadros de Carlos V, Felipe II y Felipe III pintados por Juan Pantoja de la Cruz, el de Carlos II por Juan Carreño Miranda y un retrato del P. José de Sigüenza de Alonso Sánchez Coello.
En la bóveda hay pinturas sobre representación de las artes liberales pintadas por Peregrin de Peregrini y por debajo de la Cornisa 16 historias labradas por Bartolomé Carducho.
Fue notorio el interés de Felipe II por esta Biblioteca y muchos particulares realizaron donativos en valiosos libros de sus colecciones particulares. Las vitrinas se organizaron así:
Primera Vitrina: Apocalipsis de San Juan; Camino de Perfección, autógrafo de Santa Teresa de Jesús; Devocionario de Isabel la Católica; Devocionario de Doña Margarita de Austria; Breviario del Emperador Carlos V; Breviario de Felipe II; Capitulario; Misal romano del siglo XV y otros. . .
Segunda Vitrina: Un Alcorán de Muley Zidán, Emperador de Marruecos y 3.000 libros árabes y persas mas. . .
Tercera Vitrina: La Santa Biblia, del siglo XIV; Le Jouvencel, una novela alegórica del siglo XV; Breviario de Amor, en verso preovenzal, del siglo XIV; Códice Virgiliano, del siglo XV; Imitación de Cristo, en legua mexicana; Crónica troyana, del sisglo XV. . .
Cuarta Vitrina: Itinerario, del Emperador Antonino, del siglo VII; Tres libros de las Sentencias, de San Isidoro y que perteneció a Alfonso II El Casto; Explanación del Apocalipsis por S. Beato de Liebana; Códice Aureo, llamado así por estar escrito en letras de oro y contiene los cuatro Evangelios con los prefacios de San Jerónimo y los cánones de Eusebio de Cesarea; el Códice Vigiliano o Albeldense que contiene los antiguos Concilios generales; el Códice Emilianense, copiado del anterior por los monjes Velasco y Sisebuto de San Millán de la Cogolla; un Breviario del siglo XII; Crónica generalógica de reyes, hasta los Reyes Católicos; Heráldica general y origen de la nobleza por el Cardenal Otón Trusches; Cosmografía de Tolomeo, del siglo XV; Libro de dibujos y antiguedades; Libros del Saber de Astronomía de Alfonso X El Sabio, copiados por orden de Felipe II y con dibujos de Juan de Herrera. . . .
Quinta Vitrina: Obras de Alfonso El Sabio tales como ls Cántigas de Santa María, Grande e geneal Estoria, Juegos de ajedrez, dados y tablas, Lapidario, Crónica General de España . . .
Sexta Vitrina: La Biblia, en hebreo del siglo XV; Himnos en loor de la Virgen, en griego; Exposición de las Fiestas de la Iglesia griega, en griego por Juan de Euchaita, iluminado para Felipe II por Nicolás de la Torre; Táctica militar, en griego de Eliano. . .
Séptima Vitrina: Breviario de principios del siglo XV; Officium Salomonis, escrito para Carlos V por el impresor de Gante, Roberto Kleyser e iluminado por su hermana Clara Fleyser; un Psalterio de la Orden de San Agustin, del siglo XIII; Ceremonial para la consagración y coronación de los Reyes de Castilla y Aragón, del siglo XIV; encuadernaciones árabes; dos incunables, uno de Zaragoza de 1.481, ejemplar único, y otro de Valencia de 1.475 el mas antiguo de los españoles que posee la Biblioteca.
Biblioteca de Manuscritos: Para la formación de esta Biblioteca, Felipe II dono 4.000 volúmenes de su colección particular. En 1.576, D. Diego de Mendoza, caballero docto y que había sido Embajador en Venecia y Roma, donó toda su importante biblioteca. Asimismo y por mandato de Felipe II se trajeron 183 ejemplares de la Capilla Real de Granada, 94 de la testamentaria de D. Pedro Ponce, Obispo de Plasencia, 234 del historiador de Aragón, Jerónimo de Ziurita; 87 del doctor Juan Paez de Castro, 31 de D. Diego González, Prior de Roncesvalles, 139 de la Inquisición, 45 de Don Alonso de Zúñiga, 293 de los Monasterio de Poblet y Murta, 206 donados por Arias Montano de los cuales 72 eran manuscritos en hebreo, 486 de la biblioteca del Marqués de los Vélez, 935 de la testamentaria del Cardenal de Burgos, 135 de Don Antonio Agustin, Arzobispo de Tarragona.
Mas tarde, en 1.609 incrementaron los fondos de la Biblioteca los libros de Ramirez de Prado adquiridos por Felipe III como bienes a su real fisco. Y en 1.614 el Emperador de Marruecos, Muley Didán aportó 3.000 manuscritos árabes.
En 1.671 se produjo un incendio y se perdieron 4.000 volúmenes. También se produjeron algunas pérdidas cuando se traslado la Biblioteca a Madrid de 1.820 a 1.823 durante el mandato intruso de Napoleón. No obstante esos desastres, la Biblioteca , en 1.859, ya contaba con 30.000 volúmenes a la que se añadieron 5.000 volúmenes mas procedentes de la Biblioteca del Seminario fundada por Don Antonio Claret, Arzobispo de Cuba. Poco tiempo después se hizo un recuento y ya ascendía a 40.000 volúmenes: 1.9000 Manuscritos árabes, 700 griegos, 2086 latinos y otras lenguas y 73 hebreos.
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